Menteri-Bukan Menteri: Soal Sekretaris Negara dan Sekretaris Kabinet

Pendahuluan

Kedudukan dan fungsi Sekretariat Negara dan juga Sekretariat Kabinet sebagai supporting agency sangatlah strategis bagi efektifitas kinerja Presiden dan pemerintahan. Karena itu, sangatlah penting kedua lembaga pemerintahan ini memberikan kinerja yang terbaik kepada Presiden dalam menjalankan kekuasaan negara dan pemerintahan.

Salah satu faktor yang menentukan efektifitas dan efisiensi kinerja lembaga kepresidenan ini adalah desain organisasi yang sesuai dengan ketentuan legal-konstitusional  dalam rangka memperkuat kinerja manajemen pemerintahan secara keseluruhan.

Tugas Pokok dan Fungsi

Sepintas lalu —dan pada awal terbentuknya— peranan Sekretariat Negara dan Sekretaris Kabinet memang tidaklah terlalu menonjol, seperti terlihat dalam masa jabatan Sekretaris Negara pertama di tahun 1945. Kegiatan beliau nampaknya tidak lebih dari kegiatan seorang office manager.

Tugas pokok dan fungsi Sekretariat Negara dan Sekretariat Kabinet haruslah mengacu pada struktur kekuasaan Presiden dalam UUD 1945. Kekuasaan Presiden sebagai kepala negara sebenarnya secara implisit dapat dianalisis dari ketentuan dalam batang tubuh UUD 1945 maupun penjelasannya. Namun, kekuasaan tersebut juga dapat dilihat dalam sejarah praktik atau konvensi ketatanegaraan Indonesia atau negara-negara lain terutama pada negara dengan sistem pemerintahan presidensial.

Sampai sekarang saya masih bertanya-tanya dalam hati, dalam merumuskan konstitusi untuk suatu negara Indonesia yang merdeka pada tahun 1945, setelah memilih bentuk negara kesatuan dan menolak bentuk negara federal, pertimbangan apa yang menyebabkan para Pendiri Negara —yang umumnya memperoleh pendidikan tingginya di negeri Belanda ataupun di Indonesia yang dijajah negeri Belanda— sampai memilih sistem pemerintahan presidensial dan menolak sistem pemerintahan parlementer. Secara retrospektif dapat dikatakan, bahwa sistem pemerintahan presidensial dalam bentuk negara kesatuan akan mengandung risiko berganda, yaitu kekuasaan pemerintahan yang teramat besar di tingkat nasional dengan sistem pengambilan keputusan yang sangat sentralistik.
Latar belakang penolakan sistem pemerintahan parlementer pernah diutarakan dalam kesempatan lain oleh Ir. Soekarno, yang antara lain menyatakan bahwa seorang wakil buruh yang dapat menjatuhkan seorang menteri di parlemen bisa saja keesokan harinya diberhentikan oleh majikannya. Saya percaya bahwa para pemimpin pergerakan kemerdekaan Indonesia yang lain juga mempunyai pandangan yang sama. Tetapi mengapa memilih sistem pemerintahan presidensial menurut model negara federal Amerika Serikat, yang besar kemungkinan tidak demikian difahami oleh para Pendiri Negara ini?
Seperti kita ketahui bersama, walaupun mungkin terlihat wah, namun kekuasaan dan pengaruh seorang presiden dalam sistem pemerintahan presidensial dalam negara federal seperti di Amerika Serikat tidaklah demikian besar. Sebabnya ialah oleh karena kekuasaan presiden dalam sistem pemerintahan presidensial dalam negara federal tersebut hanyalah merupakan residual power dari kekuasaan dasar yang dimiliki baik oleh countries maupun states. Tidak demikian halnya dengan kekuasaan presiden dalam sistem pemerintahan presidensial dalam bentuk negara kesatuan, yang secara implisit berarti bahwa seluruh kekuasaan pemerintahan, sejak dari pusat sampai ke daerah, akan berasal dari sang presiden, oleh karena dalam sistem ini presiden adalah pemerintah dan pemerintah adalah presiden.

Sebenarnya, dalam struktur kekuasaan UUD 1945 Presiden memiliki tiga jenis kekuasaan, yaitu sebagai kepala eksekutif (executive power), menjalankan sebagian kekuasaan legislatif (legislative power), dan melaksanakan kekuasaan negara sebagai kepala negara. Presiden sebagai kepala eksekutif atau pemegang kekuasaan pemerintahan dapat dilihat dalam Pasal 4 ayat (1) UUD 1945 yang menyatakan, “Presiden Republik Indonesia memegang kekuasaan pemerintahan menurut Undang-Undang Dasar”, dan Pasal 5 ayat (2) yang menyebutkan, “Presiden menetapkan peraturan pemerintah untuk menjalankan undang-undang sebagaimana mestinya”.

Penjelasan Pasal 4 dan Pasal 5 ayat (2) UUD 1945 menyatakan bahwa, “Presiden adalah kepala kekuasaan eksekutif dalam negara. Untuk menjalankan undang-undang, ia mempunyai kekuasaan untuk menetapkan peraturan pemerintah”. Peraturan pemerintah dan segala bentuk peraturan untuk menjalankan perintah peraturan perundang-undangan yang dibuat oleh pemegang kekuasaan legislatif pada dasarnya merupakan ‘implementing atau executing legislation’ yang menjadi bagian kekuasaan eksekutif.

Pasal 5 ayat (1) dan Pasal 20 ayat (2) UUD 1945 menyiratkan kekuasaan Presiden sebagai pemegang (sebagian) kekuasaan legislatif. Dalam Pasal 5 ayat (1) dinyatakan bahwa, “Presiden berhak mengajukan rancangan undang-undang kepada Dewan Perwakilan Rakyat”. Sedangkan dalam penjelasannya disebutkan, “Kecuali executive power, Presiden bersama-sama Dewan Perwakilan Rakyat menjalankan legislative power dalam negara”. Kemudian Pasal 20 ayat (2) menyatakan, “Setiap rancangan undang-undang dibahas oleh Dewan Perwakilan Rakyat dan Presiden untuk mendapat persetujuan bersama”.

Dalam praktik kepemerintahan Indonesia biasanya rancangan undang-undang itu berasal dari pemerintah. Namun, praktik demikian juga terdapat pada negara-negara baik negara dengan sistem presidensial maupun negara dengan sistem parlementer. Di Amerika Serikat dan di Australia rancangan demikian disebut government bill. Jadi kekuasaan legislatif untuk mengajukan rancangan undang-undang dalam praktiknya dilakukan oleh kekuasaan eksekutif atau kepala pemerintahan.

Di lain pihak, dalam praktik berbagai negara kekuasaan untuk mengesahkan rancangan undang-undang─di Amerika Serikat disebut ratification sedangkan di Inggris diberikan dalam bentuk royal assent oleh ratu─biasanya dilakukan oleh kepala negara. Dalam UUD 1945 kekuasaan demikian disebutkan dalam Pasal 20 ayat (4) yang menyatakan, “Presiden mengesahkan rancangan undang-undang yang telah disetujui bersama untuk menjadi undang-undang”.

Presiden sebagai kepala negara yang menjalankan kekuasaan negara sebenarnya dijelaskan dalam penjelasan UUD 1945. Dalam penjelasan dinyatakan bahwa, “Kekuasaan presiden dalam pasal-pasal ini [pasal-pasal 10, 12, 13, 14, 15] ialah konsekuensi dari kedudukan Presiden sebagai Kepala Negara”. Dalam praktik negara-negara (sebagian) kekuasaan demikian, seperti yang akan disebutkan di bawah, memang sudah lazim menjadi kekuasaan kepala negara.

Menteri-Bukan Menteri

Lalu tugas pokok dan fungsi apakah yang seharusnya dijalankan oleh Sekretariat Negara dan Sekretariat Kabinet untuk membantu Presiden dalam menjalankan kekuasaan negara dan kekuasaan pemerintahan berdasarkan UUD 1945?

Dari analisis konstitusional di atas maka tugas pokok dan fungsi Sekretariat Negara adalah memberikan dukungan staf dan administrasi kepada Presiden sebagai Kepala Negara dalam menjalankan kekuasaan negara. Tugas pokok dan fungsi ini terkait dengan administrasi kekuasaan Presiden dalam hal: menyelenggarakan kekuasaan yang tertinggi atas Angkatan Darat, Angkatan Laut, dan Angkatan Udara (Pasal 10), menyatakan keadaan bahaya (Pasal 12), mengangkat duta dan konsul (Pasal 13 ayat (1)), memberi grasi, amnesti, abolisi dan rehabilitasi (Pasal 14), memberi gelaran, tanda jasa dan lain-lain tanda kehormatan (Pasal 15), dan mengesahkan rancangan undang-undang (Pasal 20 ayat (4)).

Untuk hal yang terakhir, sebelum suatu rancangan undang-undang yang dirancang oleh departemen-departemen pemerintahan memperoleh persetujuan Presiden untuk diajukan ke Dewan Perwakilan Rakyat RI , rancangan tersebut akan dikaji oleh Sekretariat Negara. Fungsi pengkajian Sekretariat Negara ini jelas sangat strategis, dan tidak jarang selain memerlukan wawasan yang luas serta keahlian yang mendalam dari setiap pejabatnya, juga tidak jarang akan memakan waktu jika suatu rancangan undang-undang tersebut benar-benar diinginkan mempunyai keandalan filosofis, sosiologis, dan yuridis ( filosofische, sociologische, en juridische gelding ).

Fungsi ini semakin penting jika diingat bahwa tidak jarang terlihat bahwa suatu rancangan undang-undang yang diajukan oleh suatu departemen atau lembaga pemerintah non departemen terasa demikian terpaku dalam visi dan kepentingan sektornya sendiri belaka. Lebih dari itu, tidak mustahil bahwa secara tidak sadar suatu rancangan undang-undang yang diusulkan suatu kementerian/lembaga bukan saja abai terhadap kepentingan orang banyak tetapi juga bisa bertentangan dengan Undang-Undang Dasar 1945.

Penyiapan pidato kenegaraan serta pidato-pidato kepresidenan lainnya jelas merupakan suatu tugas Sekretariat Negara yang tidak bisa dipandang enteng, khususnya jika presiden sadar bahwa setiap ucapannya —baik yang benar maupun apalagi yang salah— akan mempunyai dampak politik yang besar, baik di dalam negeri maupun di luar negeri. Sehubungan dengan demikian padatnya agenda kepresidenan, adalah merupakan suatu kemustahilan bagi seorang presiden untuk menyusun sendiri pidato-pidatonya.

Bahkan seorang orator yang piawai seperti Ir. Soekarno ada kalanya harus menyerahkan penyiapan pidatonya kepada orang lain yang dipercayanya baik secara pribadi maupun secara politik. Dahulu Ir. Soekarno pernah mempercayakan penyusunan naskah pidatonya kepada seorang tokoh Partai Komunis Indonesia , Nyoto (atau Nyono? ), sudah barang tentu dengan memperhitungkan konsekuensi politiknya.

Perlu kita sadari bahwa setiap pidato presiden sesungguhnya adalah suatu policy statement , yang akan menjadi rujukan dan catatan sejarah pemerintahannya. Oleh karena itu setiap pidato presiden selain harus mencerminkan visi pribadi presiden tentang setiap masalah, juga harus memperkirakan, merespons, dan membangun feedback masyarakat yang positif terhadap visinya itu. Oleh karena itu pula, Sekretariat Negara perlu menyiapkan sekelompok pejabat staf yang mahir menyiapkan initial drafts dari pidato-pidato presiden untuk akhirnya diserut final oleh Menteri Sekretaris Negara.

Tugas pokok dan fungsi Sekretariat Negara lebih bersifat menyelenggarakan administrasi negara dalam arti yang sempit. Karena itu, mengacu kepada Undang-undang Nomor 39 tahun 2008 tentang Kementerian Negara sebenarnya tugas pokok dan fungsi Sekretariat Negara tidak termasuk dalam tiga tipologi “urusan pemerintahan tertentu” sebagaimana disebutkan dalam Pasal 4 ayat (2). Meskipun Pasal 5 ayat (3) menyatakan urusan pemerintahan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat (2) huruf c─yakni “urusan pemerintahan dalam rangka penajaman, koordinasi, dan sinkronisasi program pemerintah”─meliputi urusan kesekretariatan negara, kesekretariatan negara dalam konteks Pasal 5 ayat (3) ini harus diartikan sebagai Sekretariat Kabinet.

Hal ini disebabkan “urusan pemerintahan dalam rangka penajaman, koordinasi, dan sinkronisasi program pemerintah” termasuk dalam lingkup kekuasaan Presiden sebagai Kepala Pemerintahan, dan karenanya merupakan domain atau portofolio kewenangan Sekretariat Kabinet sebagai lembaga kepresidenan yang membantu Presiden sebagai Kepala Pemerintahan atau Chief Executive Officer of the Government. Urusan pemerintah demikian tidak termasuk dalam lingkup kekuasaan Presiden sebagai Kepala Negara atau Head of State, dan karenanya bukan merupakan portofolio kewenangan Sekretariat Negara.

Karena itu, secara analitis yuridis, Sekretaris Negara seharusnya tidak termasuk Menteri sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat 1 Undang-undang Nomor 39 tahun 2008 tentang Kementerian Negara, karena ia tidak membidangi urusan pemerintahan tertentu sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat 2.

Melihat tugas dan fungsinya yang lebih bersifat penyelenggaraan administrasi negara dalam arti yang sempit/administrasi kepresidenan, kedudukan Sekretaris Negara lebih tepat dipegang oleh pejabat karir setingkat eselon Ia atau pejabat setingkat menteri dengan sebutan Sekretaris Negara. Seperti layaknya seorang sekretaris, ia di antaranya berperan sebagai office coordinator atau office manager dari kantor kepala negara.

Sebaliknya, karena urusan pemerintahan termasuk dalam portofolio kewenangan Sekretariat Kabinet maka Sekretaris Kabinet termasuk dalam pengertian Menteri sebagaimana dimaksud dalam Pasal 4 ayat 1 UU No.39/2008 dan disebut Menteri Sekretaris Kabinet.

Dengan kata lain, tugas pokok dan fungsi Sekretariat Kabinet adalah memberikan dukungan staf dan administrasi kepada Presiden selaku Kepala Eksekutif dalam menjalankan kekuasaan pemerintahan. Berbeda dengan Sekretaris Negara, Menteri Sekretaris Kabinet berperan sebagai office coordinator atau office manager dari kantor kepala pemerintahan.

Praktik Pemerintahan

Pada masa Presiden Soeharto, awalnya unit kerja birokrasi yang memberikan layanan dan dukungan sehari-hari melekat kepada Sekretariat Presidium Kabinet (1966-1968). Di samping itu juga Soeharto dibantu oleh tim supra kabinet yang dikenal sebagai Staf Pribadi Presiden (Spri) dan dibentuk sejak 1966. Tahun 1968, Spri dibubarkan dan Soeharto membentuk Asisten Pribadi Presiden (Aspri) yang terdiri atas perwira-perwira angkatan darat. Sekalipun bukan birokrasi resmi, ia menjadi mata dan telinga Presiden, yang mana sosok seperti Ali Moertopo dan Sudjono Hoemardani disebut-sebut berpengaruh terhadap pribadi dan pandangan politik Soeharto. Usai peristiwa Malari 1974, Aspri dibubarkan.

Bagaimana dengan Sekretariat Negara? Menurut pandangan penulis, pada dasarnya ada dua peran penting Sekretariat Negara dalam sistem pemerintahan presidensial dalam bentuk negara kesatuan, yang dapat disebut sebagai fungsi pelayanan atau service functions dan fungsi politik atau political functions.
Ke dalam fungsi pelayanan bisa dimasukkan antara lain kegiatan penyelenggaraan teknis sidang kabinet, pelayanan rumah tangga kepresidenan dan protokoler, serta pengamanan presiden dan keluarganya; sedangkan ke dalam fungsi-fungsi politik antara lain termasuk penyaringan usul inisiatif rancangan undang-undang serta produk legislatif kepresidenan lainnya, pelayanan koordinasi pemerintahan, serta penyiapan draft pidato kenegaraan serta pidato-pidato kepresidenan lainnya. Tanpa mengecilkan peranan fungsi pelayanan, berikut ini penulis mencoba untuk menelaah fungsi politik, yang langsung atau tidak langsung akan memberikan posisi strategis kepada Sekretariat Negara.
Badan ini merupakan lembaga Pemerintah yang bertugas memberi dukungan staf dan pelayanan administrasi sehari‑hari kepada Presiden dalam menyelenggarakan kekuasaan pemerintahan negara dan kepada Wakil Presiden. Termasuk pula dalam cakupan itu adalah pengaturan pengamanan dan protocol terhadap isteri atau suami Presiden dan isteri atau suami Wakil Presiden. Sejak Kabinet Kerja III bentukan Presiden Soekarno (6 Maret 1962-13 November 1963), pimpinan lembaga ini diberi titel Menteri, sehingga sebutannya Menteri/Sekretaris Negara.
Tetapi sejak Kabinet Dwikora I (27 Agustus 1964-22 Februari 1966), jabatan itu kembali kepada sebutan Sekretaris Negara. M. Ichsan yang ditunjuk Soekarno sebagai Sekretaris Negara terus bekerja hingga digantikan oleh Alamsyah Ratu Prawiranegara (1968-1972). Namun usai penugasan sebagai duta besar, posisi Alamsyah tidak digantikan dan nampaknya jabatan Sekretaris Negara tidak disebut secara resmi. Peran penting dukungan dan layanan kepresidenan dilakukan oleh Sekretaris Kabinet Soedharmono. Saat membetuk Kabinet Pembangunan II (28 Maret 1973-29 Maret 1978), jabatan Sekretaris Negara dihidupkan kembali dan Soedharmono ditunjuk memimpinnya dengan sebutan resmi Menteri Negara/Sekretaris Negara sejak 1973 hingga 1988, saat dirinya menjadi Wakil Presiden.
Di era Soedharmono ini, ditopang oleh posisi sebagai perwira militer yang loyal dan cakap menjalankan birokrasi, posisi Sekretariat Negara kemudian dikembangkan tak hanya memberikan layanan dan dukungan kepresidenan tapi juga fungsi-fungsi lain seiring dengan timbulnya gesekan kebijakan diantara personalia kabinet Soeharto. Misalnya, Soedharmono memimpin Tim Keppres yang bertugas menentukan pelaku usaha nasional yang melaksanakan proyek-proyek pemerintah dan menentukan belanja anggaran-anggaran penting lainnya.
Di samping pusat penggodokan rancangan perundang-undangan hingga pengundangan Undang-Undang, Sekretariat Negara benar-benar menjadi pintu terdepan dalam administrasi birokrasi dan salah satu symbol kekuasaan Soeharto yang cukup penting. Posisi ini terus berlanjut hingga Soedharmono digantikan oleh Moerdiono (1988-1998). Ke manapun Soeharto melangkah, Menteri Negara Sekretaris Negara ini selalu mendampingi dan acapkali menjadi Juru Bicara Presiden, yang terkenal dengan logatnya yang khas itu. Moerdiono yang ingin berkonsentrasi dalam tugas khusus sebagai Menteri Sekretaris Negara pernah memohon kepada Presiden agar dibebaskan dari tugas sebagai ketua tim pembelian barang-barang pemerintah.
Organisasi Sekretariat Negara mengendalikan organisasi lain yang penting di sekitar Presiden, yaitu (i) Sekretaris Kabinet; (ii) Sekretaris Militer; (iii) Sekretariat Pengendalian Operasional Pembangunan; (iv) Kepala Rumah Tangga Kepresidenan; dan (v) Sekretaris Wakil Presiden. Sekretaris Kabinet melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Sekretariat Negara dalam memberikan dukungan staf dan administrasi sehari‑hari kepada Presiden dalam menyelenggarakan kekuasaan Pemerintahan Negara, terutama di bidang peraturan perundang‑undangan. Karena jabatannya, maka Sekretaris Negara juga menjadi Sekretaris Kabinet dan untuk itu dibentuk Wakil Sekretaris Kabinet.
Diantara birokrat yang pernah menduduki jabatan ini adalah A. Hamid S. Attamimi (1983-1993), Bambang Kesowo (1993-1998, lalu menjadi Sekretaris Wakil Presiden 2000-2001 dan Sekretaris Negara/Sekretaris Kabinet 2001-2004), dan Erman Radjagukguk (1998-2005) Sejak Kabinet Indonesia Bersatu I (2004-2009), posisi Sekretaris Negara dan Sekretaris Kabinet dipisah dan keduanya sama-sama berkedudukan setingkat menteri. Bahkan, Sekretaris Negara dilekati dengan sebutan Menteri Sekretaris Negara, dan ini berlaku hingga sekarang.
Sekretaris Militer berfungsi untuk membantu Sekretaris Negara dalam memberikan layanan dan dukungan kepada Presiden selaku Panglima Tertinggi Angkatan Bersenjata. Sementara itu, Sekretaris Pengendalian Operasional Pembangunan (Sesdalopbang), merupakan wujud baru dari Inspektorat Jenderal Pembangunan, unit pengawasan proyek-proyek bantuan Presiden yang memiliki akses langsung kepada Soeharto. Hendropriyono dan Sintong Panjaitan pernah menduduki Sesdalopbang ini.
Kepala Rumah Tangga Kepresidenan bertugas membantu Sekretaris Negara dalam melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Sekretariat Negara dalam memberikan pelayanan kerumahtanggaan dan keprotokolan kepada Presiden dan Wakil Presiden. Termasuk dalam tugas ini adalah fasilitas fisik dan pemeliharaan istana-istana kepresidenan lain seperti Bogor, Bali, Yogyakarta, dan Cipanas.Istilah Rumah Tangga Kepresidenan sudah ada sejak zaman Bung Karno. Pak Harto dan Pak Habibie tetap menggunakan istilah yang sama, untuk menyebut urusan internal istana termasuk fasilitas kerja Presiden, baik  Istana Negara,  Istana Merdeka, Bina Graha, Wisma Negara, Kantor Presiden termasuk Masjid Baiturrahim.  Seperti yang ada sekarang ini. Kepala Rumah Tangga adalah bawahan Mensesneg. Tugas pokoknya ngurusi soal “tetek bengek” mulai dari penyediaan makan minum, pemeliharaan ruangan, taman  dan halaman, hidangan untuk menyambut tamu, karpet istana, hiasan dinding, sampai soal yang kecil-kecil seperti goordjin pintu dan jendela.

Kalau urusan keprotokolan untuk upacara-upacara menyambut tamu dari luar negeri, ada pejabat khusus, namanya Kepala Protokol Negara, yang juga berada di bawah Mensesneg. Nah, di zaman Gus Dur, diangkatlah Ratih Hardjono menjadi Kepala Rumah Tangga Kepresidenan itu. Namun rupanya, bagi yang bersangkutan, istilah Kepala Rumah Tangga itu kurang mentereng, maka digantilah namanya dengan istilah Sekretaris Presiden. Di zaman Megawati, istilah itu tetap digunakan. Pejabatnya Pak Kemal Munawar.

Mahftuh Basyuni (Sekretaris Negara 2001, Duta Besar untuk Qatar 2001-2004, Menteri Agama 2004-2009) pernah menjadi Kepala Rumah Tangga Kepresidenan, yang populer disebut ”Karungga.”
Saat Presiden Abdurrahman Wahid mulai berkuasa (1999-2001), Sekretariat Negara menjadi sasaran pembaruannya. Presiden Wahid menolak kedudukan Sekretariat Negara yang begitu dominan, menjadi ”negara dalam negara.” Sekalipun saat pengumuman Kabinet Persatuan Nasional I (26 Oktober 1999-9 Agustus 2001), Sekretaris Negara memperoleh kedudukan setingkat menteri, namun dalam perombakan tahun 2000, posisi Sekretaris Negara dianggap bukan bagian dari struktur kabinet. Presiden Wahid juga merevitalisasi dan membentuk unit-unit kerja yang membantunya sehari-hari, mencakup Sekretaris Kabinet (Marsilam Simanjuntak, 2000-2001, Marzuki Darusman, 2001), Sekretaris Pengendalian Pemerintahan (Bondan Gunawan, 2000), dan Sekretaris Presiden (Ratih Harjono, 2000, Joko Mulyono, 2000-2001).
Namun, Presiden Wahid menyerahkan sepenuhnya pengelolaan administrasi Istana Wakil Presiden kepada Wakil Presiden (saat itu) Megawati Soekarnoputri yang kemudian menunjuk Bambang Kesowo sebagai Sekretaris Wakil Presiden yang menyebabkan badan ini menjadi independen sebelum disatukan kembali sejak Megawati menjadi Presiden (23 Juli 2001-20 Oktober 2004).
Di awal jabatan, Presiden Yudhoyono mempertahankan posisi Sekretaris Presiden namun kemudian menghapuskannya. Di sisi lain, Presiden Yudhoyono membengkakkan birokrasi kepresidenan dengan di samping mempertahankan Sekretaris Negara dan Sekretaris Kabinet sebagai unit yang terpisah (berikut organisasi di bawahnya) juga memperkenalkan jabatan Staf Khusus. Jabatan ini disetarakan dengan Eselon IA dan merupakan jabatan politik. Presiden berhak mengangkat 9 staf khusus, Wakil Presiden 7 staf khusus, dan setiap menteri 3 staf khusus. Diantara staf khusus yang menjadi wewenang Presiden, 1 menjadi Sekretaris pribadi dan 1 lagi diperbantukan bagi ibu negara.
Presiden Yudhoyono juga merintis pembentukan Juru Bicara Presiden, jabatan yang menguraikan perilaku Presiden sehari-hari, yang terbagi ke dalam Juru Bicara Bidang Dalam Negeri dan Juru Bicara Bidang Luar Negeri. Jabatan ini bukan hal baru karena sesungguhnya Presiden Wahid telah memulai dan pernah mengangkat 6 juru bicara kepresidenan, antara lain Wimar Witoelar. Presiden Joko Widodo seingat saya tidak pernah berbicara langsung soal birokrasi kepresidenan ini. Wakil Menteri pernah diusulkannya dihapus, namun tidak jelas bagaimana kelanjutan posisi Staf Khusus. Saya menganggap birokrasi di Sekretariat Negara, Sekretariat Kabinet (dan lingkungan jabatan di bawahnya) beserta staf khusus merupakan staf kepresidenan. Mereka menjadi garda depan dalam pelayanan dan dukungan terhadap Presiden.